Đa số cư dân bản địa trên quần đảo Mã Tổ có quê ở miền Bắc của Phúc Kiến (Mân Bắc). Một số đảo không có cư dân thường trú. Binh sĩ Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc trú đóng tại một số đảo từ khi kết thúc Nội chiến Trung Quôc vào năm 1949, hoặc từ các cuộc khủng hoảng eo biển Đài Loan lần 1 năm 1954 và lần 2 năm 1958. Do yêu cầu cao về quân sự, các binh sĩ đóng trên các đảo với số lượng lớn, khiến dân số quần đảo tăng chưa từng thấy. Cư dân quần đảo đạt đỉnh vào năm 1971 với tổng số 17.088 người. Sau giai đoạn tăng nhanh này, dân số giảm dần do tăng trưởng kinh tế yếu kém, thanh niên di cư hàng loạt do thiếu cơ hội việc làm. Trong những năm gần đây, dân số quần đảo dần tăng lên do nhập cư. Dân số được ổn định nhờ cải thiện về giao thông giữa đảo Đài Loan và quần đảo Mã Tổ cũng như vì có nhiều dự án xây dựng.[9]

Đến Thiên Hậu Mã Tổ Nam Can (馬祖南竿天后宮) thờ nữ thần Ma Tổ, được cho là có quách của bà, nhưng địa điểm này không nổi danh như đền thờ bà ở đảo Mi Châu. Hầu hết khách hành hương từ Đài Loan đến đảo Mi Châu sẽ bắt đầu hành trình tại quần đảo Mã Tổ vì đây là nơi gần đảo Mi Châu nhất trong những nơi do THDQ quản lý.

Ngôn ngữ

Phương ngữ Mã Tổ được sử dụng phổ biến tại quần đảo, đây là một phương ngữ thuộc tiếng Mân Đông. Phương ngữ Mã Tổ gần gũi nhất với phương ngữ Trường Lạc bên Đại lục, có thể hiểu lẫn nhau với phương ngữ Phúc Châu. Tại quần đảo Mã Tổ, số người có khẩu âm Trường Lạc chiếm trên 80%, kế tiếp là khẩu âm Liên Giang vốn ban đầu tập trung ở thôn Tân Sa của đảo Nam Can, người có khẩu âm Phúc Thanh phân tán các nơi.[30]

Ngoài ra còn có di dân nói phương ngữ Tuyền Châu của tiếng Mân Nam, họ cư trú tại thôn Phục Hưng trên đảo Nam Can, và thôn Kiều Tử và thôn Đường Kỳ trên đảo Bắc Can. Hai thôn Kiều Tử và Đường Kỳ còn có di dân nói phương ngữ Phủ Điền của tiếng Phủ Tiên. Trong các cộng đồng di dân này, thế hệ lớn tuổi có thể sử dụng phương ngữ mẹ đẻ và Mã Tổ, thế hệ trẻ chỉ biết nói phương ngữ Mã Tổ.[30][31]

Vào giữa thế kỷ 20, một lượng lớn binh sĩ Quốc quân Trung Hoa Dân Quốc đến đồn trú tại quần đảo. Nhằm mục tiêu bảo vệ đảo, các binh sĩ rất nỗ lực xóa mù chữ, thúc đẩy sử dụng tiếng Phổ thông, nhằm mục tiêu gắn kết quân dân. Chính sách này cuối cùng dẫn đến việc tiếng Phổ thông được sử dụng phổ biến, còn địa vị của phương ngữ Mã Tổ bị suy yếu nghiêm trọng. Trong những năm gần đây, với việc mở cửa du lịch ở khu vực Mã Tổ và một lượng lớn người di cư đến đảo Đài Loan, không ít cư dân địa phương có thể nói tiếng Mân Nam Đài Loan, khiến cho phương ngữ Mã Tổ lâm phải tình trạng nguy hiểm, vì thế hệ trẻ không nói được nhiều hoặc thậm chí không biết nói.[31] Chính phủ Trung Hoa Dân Quốc vào năm 2000 có ban bố quy định các phương tiện giao thông công cộng trên quần đảo phải sử dụng phát thanh phương ngữ Mã Tổ. Đồng thời, thực hiện việc giảng dạy phương ngữ Mã Tổ trong trường học.[32]